L’oratorio venne fondato nel 1696 dalla confraternita, sul terreno del vecchio camposanto situato presso la chiesa di S. Giulia. Nelle cronache si ricorda che i lavori iniziarono il 6 luglio e terminarono ufficialmente il 27 dicembre del 1705, quando il decano del duomo lo benedì, celebrandovi la prima messa. Alcuni storici sostengono che la fondazione dell’oratorio si possa collegare con il tentativo del granduca Cosimo III, in qualità di Gran Maestro dell’Ordine dei Cavalieri di S. Stefano, di staccarsi dall’arcivescovo di Pisa per attribuire a se stesso un ufficio episcopale.